中央空调系统中有冷却水和冷冻水。水是一种良好的冷却介质，比较廉价，但即使经过自来水厂等处理过的水仍程度不同地含有溶解固体、气体及各种悬浮物。这些溶解固体、气体及悬浮物等会引起诸如沉积物腐蚀、微生物（藻类、菌泥）繁殖等问题，而这些问题的存在，会给中央空调的安全运行带来以下危害。
1.降低了换热效率
多数换热器用碳钢制成，碳钢的导热系数为46.4～52.2Ｗ/（m.k）,但碳酸盐垢的导系数为0.464～0.697w/m.k，只有碳钢的1％左右。由此可见，水垢或其它沉积物的导热系数比金属的低得多，因此当水垢或其它沉积物覆盖在换热器的换热表面时，就会大大降低换热器的换热效率。
2.使循环水减少
沉积物或微生物粘泥覆盖在换热器中的换热管壁甚至堵塞换热管，使得循环水通道的截面积和通量变小，从而使换热效率进一步降低。
3.降低了水处理药剂的使用效果
沉积物以及微生物粘泥覆盖在金属的表面，阻止了水中的缓蚀剂、阻垢剂和杀虫剂等水处理药剂到达金属表面发生缓蚀、阻垢和杀菌作用，并且有些微生物还会和一些水处理药剂发生反应，从而破坏和降低了这些药剂的使用效果。
4.加速了腐蚀
沉积物和微生物的产生，促使了浓差腐蚀电池的形成及垢下腐蚀的产生，从而使金属的腐蚀速度加剧。
5.缩短了设备的使用寿命
一方面，沉积物和微生物粘泥等覆盖在换热表面，阻止了设备的有效换热，从而使换热表面的金属长期处于高温热负荷状态，导致金属疲劳；另一方面，腐蚀的发生会导致设备如换热器的换热管壁变薄，尤其是垢下腐蚀还会导致设备穿孔泄漏。这些情况的发生，使得设备的使用寿命被缩短。
6.增加了运行成本
为使设备保持足够的换热效率，必需采取诸如增加水量等措施，同时为维修因腐蚀等原因造成的设备损坏等，必然需增加一些费用，从而增大了设备的运行成本。
